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1ª Temporada

1. LA VERDAD SEA DICHA

Sidney Bristow trabaja para el SD-6 donde piensa que su labor como espía está ayudando a la CIA y al gobierno de los Estados Unidos, pero lo que ella no sabe es que en realidad no trabaja para la CIA sinó para el enemigo. El SD-6 es el encargado de matar a su prometido y eso hace que Sidney vaya a la verdadera CIA donde la hacen agente doble para poder acabar con el SD-6.

2. ASI COMIENZA

Sidney se entera de otra verdad, el organigrama del SD-6 es más grande de lo que ella imaginaba,con lo que le va a llevar más tiempo de lo que imaginaba. Además el amigo de Sidney, Will Tippin intentará averiguar que es lo que le ha ocurrido al prometido de ésta, Danny, aunque ella le pida por favor que lo deje estar. Pero la curiosidad de Will le puede y descubre que habia reservado un billete a Singapur antes de morir. Mientras en el SD-6 Sidney es enviada a Moscú en una misión pero antes se encuentra con su padre y le pregunta si sabia lo de Danny, a lo que él contesta que fue él quien sacó el billete a Singapur para enviarlo allí y evitar su muerte.

3. PARIDAD

Sidney es enviada a Madrid para buscar una caja de Milo Rambaldi, un visionario e inventor del siglo XV, que contiene un código. En su búsqueda se encuentra con un miembro de una organización rival el Directorio K, Ana Espinosa y tras una pelea acaba siendo Ana la que ser lleva la caja. Will mientras sigue investigando el cada vez más misterioso asesinato de su amigo. Al final, acaban compartiendo lo que tienen Ana (la caja) y Sidney (el código que la abre) para que ambas descubran que hay dentro.

4. UN CORAZÓN ROTO

Sid vuelve a encontrarse con Ana, esta vez en Málaga y consigue llevarse lo que venía a buscar. Luego Dixon y ella son enviados a otra misión en Marruecos donde es reconocida y tienen que retirarse. Francie sospecha que su novio Charlie la engaña con otra mujer. Su padre Jack le deja plantada cuando habian quedado para cenar. Por último Sid es enviada a proteger a Patel, un premio Novel de la paz, en Sao Paolo.

5. EL DOBLE

Vaughn le enseña a Sydney el expediente de la CIA de su padre. Francie dedice organizar una fiesta de Halloween. En misión secreta Sidney ayuda a suplantar la identidad de Schiller por un agente de la CIA. Y más adelante en Alemanía, Dixon sin saberlo vuela por los aires un equipo de la CIA, que estaba allí de contramisión.

6. AJUSTE DE CUENTAS

Sidney es enviada al psiquiátrico donde está encerrado en enfermo mental Shepard del que necesitan una información, pero ese sitio no resulta ser como ella esperaba y le será muy difícil escapar. Mientras Will sigue investigando sobre el asesinato de Danny y encuentra una mujer Kate Jones, la cual iba a ir con él a Singapur. Y el virus que pone la CIA para entrar en el SD-6, el troyano es descubierto por Marshall y se lo dice rápido a Sloane, el cual manda buscar rapidamente al traidor.

7. DALTÓNICO

Sidney sigue encerrada en el manicomio sin poder salir y además hay uno de los médicos que es un integrante del Diretorio K que quiere la misma información que ella. Al final consigue escapar con Shepard y se esconden en una casa de la CIA, él acaba hablando y reconoce haber sido el que mató a Danny (aunque sin saberlo porque lo tenían programado). Jack y Vaughn tienen un encuentro donde dejan claro que no se caen bien. Will decide dejar la investigación y Charlie, pide en matrimonio a Francie delante de todos.

8. EL TIEMPO DIRÁ

Sloane está preocupado por tener un posible infiltrado en la empresa y decide poner vigilancia a todos sus agentes, incuido Sidney, Jack le recomienda que aprenda a pasar una detector de mentiras porque pronto podrían hacerselo. Sidney viaja a Italia para ver a un relojero que puede arreglar un reloj de Rambaldi donde puede estar la clave descifrar el rompecabezas de Rambaldi. Will vuelve al caso de Danny pero su redactora jefe no quiere publicar lo que tiene. Descubren que la pieza que trajo Sidney de Málaga encaja con el reloj que tienen y donde se ven unas coordenadas del monte Aconcagua, donde deberán viajar Sidney y Dixon.

9. MEA CULPA

Dixon resulta herido en el Aconcagua y Sidney necesita pedir ayuda a la CIA para salvarlo, aunque pueda darse cuenta. Más adelante Sidney viaja a la Toscana donde Sloane le tiende una trampa para ver si es ella la traidora, pero gracias a Jack sale bien parada. De nuevo en una misión nueva en Ginebra para hacer un traspaso de fondos se dan cuenta que pasa información a la CIA y el SD-6 la captura.

10. ESPÍRITU

Sidney ha sido capturada pero gracias a que Jack culpa a otro miembro del SD-6, Russek como el auténtico infiltrado. La nueva misión de Sid es en Kenia para ver si Hassan está haciendo algun negocio con armas por la zona. Más tarde Jack es enviado por la CIA a Cuba y acaba secuestrado por el propio Hassan. Will encuentra una cinta de un hombre que está preso en el que escucha "SD-6" y va a preguntar por ello. Sidney de manera secreta viaja a Cuba para rescatar a su padre pero la cosa se tuerce aún más.

11. LA CONFESIÓN

Al final logran capturar a Hassan y le proponen un trato: hacen como que se ha muerto y lo llevan a la CIA para interrogarlo, el SD-6 piensa que ha muerto. Hassan da a la CIA unos códigos falsos y Sidney está apunto de morir en Creta, suerte que Vaughn le salva en el último momento al conseguir un acuerdo para la familia de Hassan. A la vuelta Sidney convoca una reunión en la CIA para descubrir a su padre, que cree que fue del KGB. Syd descubre que en realidad era su madre la que lo hacía.

12. LA CAJA. PARTE 1

Sidney quiere dimitir en el SD-6, Vaughn intenta convencerla para que no lo haga. El SD-6 es invadido por unas personas que responden a las órdenes de Mackenas Cole, ex miembro del SD-6 y que quieren torturar a Sloane para que les el código de la cámara acorazada. Sidney y Jack son los únicos que pueden salvarlos.

13. LA CAJA. PARTE 2

Jack salva a Sidney dejandose pillar por los hombres de Cole. Mientras Vaughn desobedece las órdenes de la CIA y decide ayudar a Sidney con los explosivos que hay debajo del edificio del SD-6 que se activarán cuando abran la cámara acorazada. Al final consigue abrir la cámara y la única manera de que no exploten todos los explosivos es con la huella de Sloane. Will habla con una chica, hija del hombre que está en prisión y le convence para que siga investigando en el artículo.

14. EL GOLPE

Sloane está conmocionado por la pérdida de la cah¡ja, que se llevó Cole, lo que no sabe es que Cole fue atrapado por la CIA y la caja también. Dixon y Sidney son enviados a Las Vegas para obtener información sobre el Directorio K, los que mandaron la invasión al SD-6. Allí se encuentra con Francie y Charlie y descubre que Charlie le ha sido infiel y le dice que o se lo cuenta él o lo hará ella. Jack actúa como padre y ayuda a Sidney a decidir si quiere seguir o no con sus estudios.

15. LA PÁGINA 47

Sidney vuelve de la misión en Moscú salvada por los pelos con un vídeo de una reunión del Sr. Sark y el Directorio K. Vaughn le pide a Sidney que utilice su amistad con Emily la mujer de Sloane para ver el manuscrito de Rambaldi que tiene en su casa. Mientras la vida de Will está corriendo peligro por su investigación hasta el punto de ser secuestrado y bien avisado de que si no para con ella podrían hacerle daño a su familia y amigos.

16. LA PROFECÍA

En el manuscrito de Rambaldi hay una página en blanco, la 47 estaba en blanco y descubren que el bote que había en la caja que cogió Cole era tinta para ver esa página. Vaughn le cuenta que en esa página hay una profecía de Rambaldi pero no le cuentan nada más. Al final consiguen ver la página, en ella se ve una profecía sobre una mujer muy parecida a Sidney. Jack descubre que la clave para descifrar la profecía está en el Vaticano y Sidney le pide a Vaughn que le acompañe.

17. PREGUNTAS Y RESPUESTAS

Sidney ha sido custodiada por el FBI para descubrir su conexió con la Profecía. Vaughn y Jack intentan sacarla de ahí porque saben que cambiarán de sitio para refugiarla en breve y descubren una manera de demostrar que no es ella la de ese manuscrito.

18. MASCARADAS

Sidney vuelve de Italia donde demostró que no era la de la profecía y se entera que la CIA está buscando a su madre Laura Bristow, aunque pensaban que estaba muerta. Piensan que está viva por un contacto con Alexander Khasinau, el jefe de Cole y Sark que resulata haber sido el jefe de ella en el KGB. Tiene una misión a Austria donde su contacto ha sido asesinado y le substituye otra persona que resulta ser Noah Higgs, un ex novio suyo y miembro del SD-6. Al final consiguen salir de ahi gracias a él.

19. EL HOMBRE DE LA NIEVE

Todo indica que hay que ir tras Khasinau y para conseguirlo deben buscar a un asesino apodado "El hombre de la nieve" que lohan visto en Australia. Noah le propone a Sidney que se vayan del SD-6 y se fuguen a una isla. Ella al final decide quedarse porque quiere acabar con el SD-6 y no puede irse hasta que lo consigue. Al final en una misión a Australia para buscar al hombre de la nieve y Sidney se pelea con él y consigue su objetivo, aunque no resulta como ella quería.

20. LA SOLUCIÓN

Para capturar a Khasinau y estar más cerca de encontrar a su madre, Sydney y Vaughn establecen la venta clandestina de un artefacto de Rambaldi con el representante de Khasinau, el Sr. Sark. Sloane está obligado a tomar una difícil decisión, cuando su mujer, una enferma terminal de cáncer, le cuenta a Sydney que sabe que trabajan para el SD-6.

21. EL ENCUENTRO

Consiguen capturar a Sark cuando estaban intentando coger a Khasinau. La vida de Will va a dar un giro cuando se entera de quien ha sido la persona que lo secuestró la otra vez. Dixon sospecha lo que hace Sidney al acordarse de como le salvó en el Aconcagua y Sloane espera la decisión que toma la Alianza con respecto a su mujer.

22. CASI TREINTA AÑOS

Will es torturado para saber lo que sabe sobre la circumferencia, aunque él no sabe nada ha sido un farol de Jack. Para salvarlo Jack encuentra el topo de la CIA de Khasinau y le saca la información que necesita. Jack y Sidney van a ir a Taipei a los que se les une Vaughn para ayudarlos. En el laboratorio de Taiwan hay una reproducción del artefacto que robo Sidney en el primer episodio de la serie y deben destruirlo. Todo se complica y acaban separandose, Sid despierta atada en una silla y Khasinau le hace una revelación muy sorprendente.

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2ª Temporada

1. ENTRA EL ENEMIGO

Sidney contempla al "hombre" que en realidad es Irina Derevko, la madre de Sidney, que todo el mundo pensaba que estaba muerta hace más de 20 años con el nombre de Laura Bristow. Todavía perpleja no se ve venir que su madre le va a disparar en un hombro. A pesar de todo, consigue escapar y contactar con su padre que viene a buscarla y van a por Will, el cual no se cree que lleven esas vidas paralelas. Sidney quiere ir a buscar a Vaughn pero ya no está allí. Sidney es enviada a Francia para una misión y encuentra a un Vaughn muy débil y lo consigue salvar. Luego en Barcelona, va haber un intercambio d eunos documentos "La Biblia" y ella está en el blanco de Khasinau cuando su madre dispara a éste salvándole y llevándose los papeles y diciéndole: "la verdad lleva su tiempo". Después Irina entra por su propio pie a la CIA y se entrega.

2. CONFÍA EN MÍ

Irina es custodiada por un equipo de la CIA y el FBI llevado por Kendall (Terry O'Quinn). Vaughn es el encargado de interrogarla y aunque se trae algunos juegos psicológicos también le da algunos datos sobre la misión de Sidney. Jack no se fia de ella y se lo hace saber a Kendall. Sidney no hace caso de los pasos de Irina y la misión fracasa. Luego va a verla para decirle que le cuente más cosas sobre el disquet que tenía que llevarse y con eso consigue otro invento. Aunque le deja claro que solo tendrán relación profesional porque para ella su madre está muerta.

3. CIFRADO

Sydney descubre que la cámara que robó era un prototipo y que la Agencia Espacial Asiática va a lanzar la cámara real. Su misión es cablearla para que el SD-6 pueda hacerse con las imágenes que proporciona la cámara. Sloane se siente inquieto porque recibe una llamada de un lugar donde quería ir con su mujer antes de que falleciera. Will es sometido a hipnosis regresiva para ver si recuerda algo de donde le tuvo retenido Sark.

4. ENTREGA

Sidney es rescatada de su última misión en el hielo y cuando llega al SD-6 es mandada de nuevo a otra misión esta vez a Moscú. Tiene que recuperar un mapa que está escondido en una biblioteca militar, allí se vuelve a encontrar con Sark que también busca lo mismo. El mapa dice que La Biblia se encuentra en Madagascar.

5. EL INDICADOR

Sidney tiene una nueva misión en Hungría donde tiene que buscar y fotografiar unas armas que hay en un almacén de Budapest. Cuando llega allí se da cuenta que las armas son niños que están adiestrando militarmente y que son localizados mediante pruebas de inteligencia por toda Europa. El profesor de los niños vive en BUenos Aires y debe ir a inrerrogarlo, una vez allí es atacada por él y en la pelea éste muere. En la mesa hay un juego de inteligencia que consigue hacer en pocos segundos lo que le preocupa. Se somete a hipnosis regresiva para ver su pasado y lo que ve no le gusta nada.

6. SALVACIÓN

Jack y Sidney deben viajar a Ginebra para infiltrarse en un hospital donde Sark está haciendo pruebas con un virus mortal. La madre de Sidney está apunto de morir porque la han condenada a cadena perpetua y Sidney deberá intentar salvarla. Vaughn es avisado que los niños que encontraron en Budapest pueden tener también su versión en su país y le pide investigarlo. Vaughn contrata a Will para que se dedique a investigar ese tema del "Proyecto Navidad" para la CIA entre otras cosas.

7. EL CONTRAAGENTE

Descubren que Vaughn está infectado por un virus que había en el invento de Taipei, a Sidney se lo descartan después de unas pruebas. Sidney busca ayuda en su madre para que le diga donde está el antídoto si lo hay, ésta le dice que está en Estonia. Sydney se expone ante sus enemigos cuando hace saltar una alarma conscientemente para obtener el vial de antitoxina necesaria para Vaughn. Es apresada por Sark y éste decide perdonarle la vida si colabora con él para apresar a Sloane. Sydney acepta. Más tarde piensan que Sloane esta muerto y le dan el antidoto pero en realidad no lo está era una trampa de Sark para entrar en el SD-6. Vaughn está apunto de confesarle sus sentimientos a Sidney.

8. EL PASADIZO. PARTE 1

Sydney y Dixon reciben una nueva misión, viajar hasta Tajikistan para hacerse con unos códigos que pretenden utilizar unos terroristas. La relación de ésta con Sark es muy tensa y su madre asegura que no le dijo a Sark que era una agente doble. Sloane es chantajeado por teléfono para que de unos números de cuentas del SD-6 o revelarán que él fue el asesino de su mujer. Deben de ir a una nueva misión a la India y necesitan información de su madre, Sidney sugiere que venga con ella, su padre las acompaña porque no se fia de ella.

9. EL PASADIZO. PARTE 2

Sigue la misión de los Bristow en la India, sufren una emboscada y Irina les salva, lo que demuestra que no va a traicionarles. Deben aprender a confiar los unos en los otros para salir vivos de ahí. Luego en Pakistán deciden separarse dentro del sitio donde están las cabezas nucleares y cuando vuelven a ver a Irina viene con otro hombre y los encarcela a los dos. Más tarde les dice que está actuando y que los sacará de ahí. Finalmente Vaughn los salva a los 3 en un helicóptero.

10. LA ABDUCCIÓN

Sydney viaja hasta París con Sark en una nueva misión. Las cosas se van complicando y deben desplazarse a Londres para hacerse con una llave de acceso a un servidor de seguridad. A Londres van Sidney y Marshall (por primera vez) donde deben entrar en el sistema y copiar el software. Al volver a casa, Marshall debía ser cogido por los de la CIA, pero no son ellos los que le cogen.

11. UN ESCALÓN MÁS ALTO

Marshall es capturado y torturado por el hombre de las gafas y la silla de ruedas y debe conseguir reconstruir el código que memorizó en Londres con su espectacular memoria fotográfica. Entra en escena Ariane Kane que viene de la Alianza para investigar quien es el que amenaza a Sloane todas sus sospechas van dirigidas a Jack.

12. LA HUÍDA

Sloane manda a una nueva misión a Sidney recuperar un sistema de misiles guiados que va a ser trasportado de Berlín a Francia. Jack es un fugitivo de la Alianza, Kane ordena su búsqueda. Kane complica más las cosas cuando advierte a Sloane de que Sidney puede ser una agente doble cuando le ve hablando con alguien desconocido(está cenando con Vaughn) en una de sus misiones. Así para no levantar sospechas Vaughn le dice que le entregue el material original obtenido en Francia al SD-6. Sloane recoge un anillo y mata el hombre que lo tenía y luego en una playa de Filipinas va a una casa donde se encuentra... Emily! y le dice "Ya soy libre, cariño".

13. FASE UNO

Sydney se hace pasar por una prostituta para acceder al vuelo 747 en el que viaja permanentemente un servidor que contiene información vital. La CIA se entera de la desaparición de Sloane e informa de que la Alianza ha enviado un nuevo director provisional al SD-6 llamado Anthony Geiger. La nueva misión de Sydney y Jack es acercarse a al nuevo, ahora que Jack ya no es "amigo" del director. Incluso Sark está preocupado por el nuevo director e informa Sydney de que ha estado curioseando en el servidor 47, un servidor secreto de la Alianza. Sydney se da cuenta enseguida de que este servidor puede el punto débil de la Alianza así que informa a la CIA de la existencia del mismo. Consiguen entrar al SD-6 y acabar con todo. Vaughn y Sidney por fin son libres para besarse. Sark habla con Sloane y le dice que la misión ha sido un éxito.

14. AGENTE DOBLE

Vaughn le dice a Sidney que Sloane es uno de los más buscados de la Interpol. Más delante, Sidney es enviada a una misión para liberar al agente Lennox que está siendo torturado. Jack informa de que el Proyecto Hélice consiste en la creación de copias exactas de otras personas a partir de su ADN y que Lennox podría tener un doble que fuera el Dr. Markovic. La única manera de saber si alguien es verdaderamente quien dice ser es a través de un barrido del fondo de ojo. Para Sydney está claro que el Lennox que tienen es el verdadero, cosa que se confirma, y ambos agentes son enviados a Polonia para recuperar todo el aparataje del Proyecto Hélice. Lennox descubre que él no ha sido el primero en ser copiado sino que hay otra copia por ahí, aunque no puede saber quien es.

15. UN AGENTE LIBRE

Sydney plantea la posibilidad de dejar la Agencia, porque ha acabado los estudios de postgrado, pero Kendall le dice que siendo una civil no podría ver más a sus padres. Kendall le informa de que Sloane ha secuestrado a un matemático, Caplan, cuyas teorías podrían servirle para crear un arma a partir de los artefactos de Rambaldi. Caplan no tiene más remedio que ayudarlo porque tiene secuestrados a su mujer y a su hijo. Mientras Marshall, ahora ya si como agente de la verdadera CIA, se adapta muy bien, no pasa igual con Dixon que sigue muy molesto con Sidney.

16. BOMBA INCENDIARIA

Sloane ha preparado todo para utilizar los conocimientos del matemático y preparar una bomba muy potente. Desea aliarse con el señor de la guerra Ahmad Kabir.La casualidad hace a Vaughn descubrir un micrófono en el apartamento de Sydney y Marshall lo identifica como suyo propio, ya que él mismo lo fabricó cuando trabajaba en el SD-6. Ahora el pequeño genio tendrá que desmontarlo para tratar de averiguar quién lo implantó allí, hacia donde transmitía y qué conversaciones había grabado. Francie informa a Sark de que han descubierto los micrófonos así que le aconsejan que encuentre rápidamente un chivo expiatorio.

17. UN GIRO SINIESTRO

Sydney es reclamada por un investigador de la CIA, que está detrás de Vaughn por algunos contactos que ha tenido con un antiguo agente del KGB. Sydney se niega en redondo, pero más tarde la convencen y descubre algunos documentos en el portafolio de Vaughn que parecen confirmar las tesis de la CIA. Sydney comienza a cuestionarse la veracidad de las palabras. Usan a Irina como cebo para coger a Sloane pero el plan toma un giro siniestro.

18. LA VERDAD LLEVA TIEMPO

Jack informa a Sydney del escape de su madre y esta acude a la celda de Irina donde encuentra sus pendientes. A pesar del odio que siente hacia esa mujer, como le reconoce a Dixon, decide guardar los pendientes. Para empeorar las cosas, la CIA declara abiertamente que Vaughn se encuentra bajo investigación oficial.Más tarde en una misión Vaughn y Sidney se enfrentan a Sark y Irina, Sark alcanza a Vaughn e Irina después se hace perseguir por Sydney y Vaughn, con la única intención de sacarles del edificio y salvarles de la explosión del mismo. Mientras Emily debe decidir si seguir del lado de su marido o traicionarle.

19. JUEGO FINAL

Después del asesinato de Emily, la mujer de Sloane, éste busca venganza desesperadamente, quiere descubrir quien ha sido la persona que la mató. Sidney se pelea con su padre cuando tiene que ir a rescatar al científico secuestrado, la mujer de éste le dice que no estan haciendo todo lo posible por salvarlo. Vaughn y Sidney salvan a Caplan y le extraen la píldora que le iba a provocar la muerte en el último momento. Al final ambos cenan con Dixon y Diane, su esposa y ésta se va a casa sola en su coche y al subir a él éste estalla en pedazos.

20. CUENTA ATRÁS

Dixon y Sidney van a Panamá a una misión para encontrar a Di Regno, un hombre relacionado con la profecía de Rambaldi. Cuando llegan allí ha sido asesinado y le han extraído el corazón. Vaughn está preocupado por Dixon porque cree que está muy afectado y puede poner en peligro alguna misión. La psicóloga de la CIA, Barnett le va ha hacer una prueba de drogas y éste la falsifica, Sidney le tapa. Sloane se encuentra con Conrad en el Himalaya, un misterioso monje que le inició en la cruzada de Rambaldi. Al final en una nueva misión buscando el corazón de Di Regno, Dixon se pone muy nervioso y amenaza con explotar una bomba que lleva.

21. SEGUNDO DOBLE

Francie informa a Sark de que Will es sospechoso para la CIA, de modo que Irina ordena a Francie que altere la retina de Will para que piensen que es el segundo doble. Sidney comienza a temer que pueda ser verdad que en realidad que Will sea un doble y le hace muchas preguntas personales para averiguarlo a las que él no puede recordar. Irina y Sark intentarán encontrar el corazón de Rambaldi. Más tarde Will escapa de la CIA y ya no confia en nadie, ni siquiera en Sid, así que llama a Francie.

22. LA REVELACIÓN

Irina les envia a la CIA la información sobre el segundo doble, se trata de una mujer llamada Allison Doren, creía muerta hace años. Más tarde Sidney se encuentra con su madre y esta le explica sus verdaderas intenciones. Sark se encuentra a Francie y la llama Allison, éste le dice que no podrá darle su aspecto anterior porque se ha destruido el laboratorio y acaban besándose. La CIA coge a Sark porque sabe donde está Sloane, éste se lo dice y van a por él. Dixon encuentra a Jack, Vaughn va tras Sloane y Sidney tras su madre que se tira por un edificio atada a un arnés pero antes le dice que ella la quiera y que es la única en poder acabar con Sloane porque es la mujer del manuscrito. Will es apuñalado por Francie porque descubre que ella es la doble. Más tarde Sidney también lo hace y las dos tienen una gran pelea que acaba en tiroteo.

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3ª Temporada

1. LOS DOS

Sidney aparece tras dos años de desaparición en los que han cambiado mucho las cosas. Vaughn va a buscarla ya que ella llama a la CIA como si no hubieran pasado ni dos días. La primera noticia es que Vaughn ha rehecho su vida y se ha casado, ya que todos pensaron que estaba muerta. Ya en la Estados Unidos Dixon le da la noticia de que él es el encargado de la división de la CIA y que su padre lleva tiempo encarcelado. Sidney viaja a una misión para ver si recuerda algo de estos dos años.

2. SUCESIÓN

Sidney vive en una nueva casa y se hace mucho más amiga de Weiss, el cual vive en la casa de al lado. Sidney sigue con la búsqueda de su pasado y llega a la conclusión que tiene que hablar con Sark porque puede saber algo. Mientras un par de científicos de la CIA son secuestrados por un nuevo grupo terrorista, "El Pacto" y a cambio pden la liberación de Sark. Sloane que se ha convertido en el director de una organización encargada de erradicar el hambre en el mundo colabora para la CIA con todos sus conocimientos y contactos cosa que Sidney no puede creer. Sidney va a una misión a salvar los científicos y dispara al hombre que está con ellos y éste le dice "dijiste que me matarías", ese hombre sabe de su pasado pero se muere al instante. De vuelta Dixon le presenta a Lauren Reed, la mujer de Vaughn.

3. REUNIÓN

Lauren trabaja para una división del gobierno, el CSN, que investiga la muerte de Lazarey. Como se vió en el video que su padre le enseña a Sidney, ella es la asesina de Lazarey, y éste le promete que dañará el vídeo para que no la identifiquen. Sydney y Vaughn se vuelven a juntar otra vez como un equipo para impedir que Sark destruya el satélite nacional de comunicaciones. Jack busca un potente virus para destruir el vídeo y Marshall no puede identificarla.

4. EL ESLABÓN PERDIDO

Sidney mirando el vídeo donde asesina consigue descubrir que éste parece que la conoce y la llama Julia o Jules. Sidney quiere contarlo a la CIA ya que ella no se acuerda de nada pero Jack la disuade porque le harían unas pruebas que podrían dañarle el cerebro. Sidney y Lauren visitan a un infectado con un virus que les dice que habrá un segundo golpe. En la CIA saben que hay un grupo de ladrones que pueden encargarse de él y infiltran a Sidney. Cuando llegan allí el cabeza de grupo Walker reconoce a Sidney como Julia y le da un beso.

5. REPERCUSIONES

Sidney apuñala a Vaughn y le tira por un barranco para que no lo maten y Weiss lo encuentra más tarde gracias a un localizador que le pone Sid. Más tarde Vaughn está en el hospital y Lauren se entera de como lo apuñalaron. Atacan a Sloane y lo secuestran, el encargado es un tal Bomani que quiere matarlo pero él le convece de que puede ayudarle, así que Sloane se convierte en agente doble. Dixon se entera de lo del vídeo de Sidney con Lazarey y se lo cuenta a Vaughn pero no puede contarselo a su mujer.

6. LA NÉMESIS

Sloane quiere que su agente de contacto con la CIA sea Sidney y la va a ver mientras corre. Vaughn tiene remordimientos por no contarle a su mujer lo que sabe de Lazarey. Sidney en una nueva misión se encuentra con Allison (con el aspecto de Francie) cosa que la enfurece porque ella la disparó y la creía muerta, ahora es una pieza clave para el Pacto junto a Sark. Sloane es enviado a hablar con Sark y Allison por Sidney para averiguar más cosas de sus intenciones y además saber cosas de su pasado.

7. PRELUDIO

Sidney tiene pesadillas con imagenes de su pasado, y con una operación con mucha sangre. Más tarde Sloane visita la CIA y se encuentra cara a cara con Dixon, y les informe de los nuevos planes de el Pacto. Jack le pide a Vaughn que no le diga nada a mujer sobre el tema de Sidney porque creen que lo va a descubrir pronto. Al final, Sark entra en el coche de ésta y le da unas fotos donde se ve claramente que Sidney es la asesina de Lazarey. Lauren se enfada mucho con Vaughn por no decirselo y la denuncia antes de que él le pueda pedir que no haga nada. Vaughn ayuda a escapar a Sidney ésta se va a Roma.

8. PUNTO LÍMITE

Sidney ha sido capturada por el CSN y Jack y Vaughn planean ir a liberarla pero para ello necesitan la ayuda de Sloane. Los que tienen a Sidney intentan que les de unos números y estan dispuestos a someterle a un método muy peligroso para obtenerlo. Con ellos está Lauren que acaba ayudándo a los demás para liberarla cuando que ve que le van a hacer daño.

9. CONSCIENTE

Con Sidney liberada, ella y su padre viajan al desierto a desenterrar una caja con el código (que resulta ser unas coordenadas) donde está la mano de Lazarey. Lauren tiene que hacer ver que le pegaron y estuvo secuestrada por el Pacto asi que Sidney le golpea en la cara. Al final, Sidney se decide someter a un proceso de hipnosis de un doctor muy peculiar que usa drogas para que la gente entre en su subconsciente, en el descubre cosas sorprendentes.

10. VESTIGIOS

En su subconciente entra en la puerta 47 y encuentra a Will y tras algunos problemas Vaughn y su padre no quieren que vuelva a intentarlo al despertarse. Así que van a buscar a Will. Sark visita al doctor y le sonsaca donde han ido y lo que han descubierto con su regresión. Will no cree que sea Sidney al creer que estaba muerta, pero al final la ayuda y tienen una verdadera misión ambos. Para descubrir que tiene guardado en una caja de seguridad de un hotel algo que deben descubrir. Will se encuentra cara a cara con Allison y la mata.

11. REVELACIÓN TOTAL

Sidney descubre finalmente la verdad sobre lo que le ha pasado en estos últimos años de la mano de Kendall, agente del FBI que le interrogó cunado creían que era la mujer de la profecía. Éste le cuenta que ella le envió un vídeo donde le contaba toda la verdad y se lo muestra. Descubre que ella misma se hizo quitar la memoria. Lazarey está vivo y lo tiene Sark, consiguen rescatarlo y lo llevan a un hospital y cuando lo estan entrando un franco tirador lo mata. El francotirador es Lauren.

12. CRUCES

La CIA ordena a Sydney y a Vaughn que viajen a Corea para rescatar a un miembro del Pacto que quiere desertar y traerle a Estados Unidos para que facilite información a la CIA. Cuando estan allí aparece Sark y les estropea el plan, son cogidos por los coreanos y Jack para salvarlos busca ayuda en una mujer desconocida, Katya, la hermana de Irina. Katya a cambio de su ayuda le pide que mate a Sloane. Vaughn y Sidney se dan un beso cuando piensan que van a ser asesinados.

13. DESPUÉS DE LAS SEIS

La CIA quiere entrar a una casa donde hay unos documentos y direcciones del pacto muy importantes pero para entrar necesitan la ayuda de la persona que creó el sistema de seguridad, Toni Cummings, Vaughn y Sidney van a verla. Vaughn tiene problemas porque ama a dos personas a la vez. Sark y Lauren trabajan juntos y son nombrados codirectores la célula del Pacto en los Angeles, tras matar a seis jefes importante de la organización.

14. GOLPE DE EFECTO

En la CIA estan preocupados porque el Pacto siempre se les adelantan en los últimos pasos, sospechan de que hay un topo entre ellos. Jack se encarga de hacer las investigaciones para averiguarlo. En una misión en Canadá para buscar una información en un servidor, Sark y Lauren se les adelantan y luego tienen una persecución en la que logran escapar de Sid y Vaughn. En Bruselas la doctora Barnett visita a Sloane como psicóloga de la CIA y acepta una cena con él. En ella éste le confiesa un secreto que no ha revelado a nadie y que tiene que ver con los Bristow. En una misión posterior está Vaughn está apunto de descubrir a Lauren pero al final se salva porque Sark apunta a Sidney y le dice a Vaughn que si realmente la ama suelte el arma. Tras hacerlo Lauren le golpea con toda su rabia.

15. FACHADA

Un terrorista irlandés explota una bomba en un edificio en nombre del Pacto pero va a haber otra explosión. Para encontrar el segundo dispositivo Vaughn y Sidney tienen que convencer al inventor de las bombas de que son del Pacto. Éste no se lo acaba de creer así que el desertor del pacto entra para convencerlo y éste quiere un encuentro con Sark en un avión pero como no se conocen Vaughn va en su lugar. Engañan a Sark para que suba diciendole que se va a encontrar con un socio que le va a hablar de las bombas, pero no aparece. El inventor activa las bombas y Sark y Vaughn tienen que ayudarse para desactivarla.

16. SECUESTRADOS

Sidney espera a Sark cuando va a ser extraditado a los Estados Unidos pero Dixon recibe una llamada en la que le informan que éste se ha escapado del avión. Sark secuestra a los hijos de Dixon. Marshall encuentra un posible lugar donde pueden estar los hijos de Dixon pero resulta un trampa. Lauren es puesta a prueba en su papel de agente doble cuando tiene que trabajar con su padre, el senador Reed. Jack se da cuenta de quien es el topo en la CIA.

17. LA TRAMPA

Sloane está apresado y espera su ejecución. Sidney y Vaughn siguen a Bomani que tiene la llave de una caja que tiene mucho interés en abrir, ven que la camioneta que lleva es es de Omnifam, la empresa de Sloane. Vaughn le pide a Lauren que se separen y ella se lo cuenta a Sark, con el que se está acostando. Él le dice que la solución es que mate a su padre y así Vaughn no la dejará.

18. DESVELADO

Bomani y Sark abren la caja para descubrir que en su interior, Sloane había guardado el corazón de DiRegno. Según Sloane, el corazón es el motor de Il Dire (La Revelación), una máquina que al ponerse en marcha es capaz de escribir un mensaje del propio Rambaldi y así lo hacen Bomani y Sark. Dixon le pregunta a Sloane sobre el Pasajero y Sloane le dice que hablará sólo con Jack del tema, a pesar de que no quieran perdonarle la vida. Sidney informa a Vaughn de las sospechas que tiene contra su mujer. Sloane le dice a Jack que lo que ha hecho ha sido porque trabajaba para un grupo secreto gubernamental al mando de George Reed. Al final Vaughn encuentra unas pistas que le harán ver lo que sospechaba Sidney.

19. RELOZ DE ARENA

Después de descubrir que Lauren esta trabajando para El Pacto, Vaughn tiene que mantener la fachada de ser un matrimonio feliz, para así poder vigilar las actividades de su mujer. Descubren que el pasajero no es un hombre sinó una mujer: la hermana de Sidney. Intentan por todos los medios encontrar El Pasajero mientras tiene lugar la ejecución de Sloane. Pero Jack hace algo inesperado con Sloane...

20. LAZOS DE SANGRE

Jack le cuenta a Sidney lo que hizo, Sloane no está muerto, él le dio una pastilla para que pareciera muerto y luego despertara. Este, por su parte, cuenta a Jack que según los manuscritos de Rambaldi, la Pasajera está considerada como un "conducto directo" a Rambaldi. Lo único que tiene que hacer es inyectarse con el líquido verde que Sloane probó en sí mismo y la Pasajera daría un mensaje procedente del mismo Rambaldi. El Reloj de Arena que han encontrado dará el lugar de La Pasajera. Mientras, Lauren ya sabe que Vaughn sabe que es una espía así que se pone en guardia frente a su marido, al final, le tiende una trampa y lo captura junto con Sark porque cree que sabe donde está el pasajero. Al final Sidney consigue entrar en el lugar donde está la pasajera, una prisión y consigue sacarla de ahí.

21. EL LEGADO

Nadia, la hermana de Sidney, la cual se ha llevado Sloane en una trampa que les tendió a Sidney y Jack, sigue en trance y escribiendo una serie de símbolos que unidos todos conforman un gran símbolo de Rambaldi. Mientras Vaughn le está consumiendo saber que su mujer es una importante integrante de El Pacto. Katya cuenta a Jack que siente una fuerte atracción por él. Sidney y Vaughn se infiltran en un antiguo laboratorio ruso donde se encuentran con Katya, que les ayuda a escapar. Ella les cuenta como tuvo Irina a Nadia. Luego van en busca de Nadia y allí se encuentran con Sark y Lauren y pierden a Sloane por culpa de Vaughn.

22. RESURRECCIÓN

Lauren prepara una asombrosa traición para robar una serie de documentos de la CIA, para ello entra al edificio de la CIA con una máscara de Sidney para inculparla de todo y que la detengan. Mientras, Sloane habla con Nadia y le habla de la Esfera de la Vida, un lugar lleno de cosas de Rambaldi pero su hija le dice que no le seguirá, aunque Sloane le informa de donde se encontrará por si cambia de idea. Sidney hace lo mismo que Lauren pero con Sark usa una máscara para saber donde la ecuación de Rambaldi y la clave de acceso. Más adelante, se va en busca de Sidney y Vaughn y Weiss corren a ayudarla ya que Katya fue la que apuñaló a Vaughn y ella no lo sabe. En el escampado de Palermo, lugar donde está Lauren se encuentra Sidney, Katya aparece por detrás y Vaughn que llega en el último momento.

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4ª Temporada

1. SÓLO PERSONAL AUTORIZADO. PARTE 1

Después de lo que descubrió que su padre había hecho con ella en la caja de seguridad de aquel hotel, Sidney ha vuelto a tener las malas relaciones que tenía antes con su padre. Además dejará la CIA, como han hecho Dixon, Vaughn y su padre para ser reclutada por otra organización APO (Solo personal autorizado), siendo una organización en cubierta de la CIA y liderados por su viejo enemigo Arvin Sloane y teniendo a sus ex compañeros otra vez como compañeros. Entre los papeles que vió sobre su padre se encontró una petición para eliminar a Irina Derevko que fue aprobada y ejecutada por su padre. El nuevo grupo tiene una nueva misión en contra de una nueva amenaza terrorista y para eso necesitan información de Nadia.

2. SÓLO PERSONAL AURORIZADO. PARTE 2

Sidney va a Argentina en busca de información sobre los terroristas que Nadia puede facilitarle pero ella no sabe mucho, les da un nombre para poder seguir y dice que por su culpa mataron a su compañero. Nadia no quiere volver a trabajar como espía. Sdney y Vaugh han vuelto en su relación y Marshall es reclutado de la CIA para trabajar con ellos en tecnología como siempre han hecho. En su nueva misión contra Kazu Tamazaki, Nadia aparece para salvar a su hermana pero el hombre le confiesa a Sidney momentos antes que la persona que lo contrató para matarla fue Irina Derevko. Nadia se incorpora en la organización y Sidney descubre que su padre mató a Irina para salvarle la vida a ella.

3. LA HORRIBLE VERDAD

Nadia se ha enterado que su madre está muerta y jura matar a su asesino, por lo que Jack teme que Sidney le cuente a su hermana que fue él quien lo hizo. Mientras Sidney tiene que infiltrarse en Málaga en casa de un hombre que tiene un servidor muy importante de donde necesitan obtener una información. Pero en medio de la misión surgen complicaciones cuando es descubierta y mientras la CIA, también está en España y descubren a Weiss que también es capturado. Por lo que Weiss se da cuenta que todos siguen trabajando en este mundo pero desde otra organización. Mientras, Nadia es evaluada por Jack para ver si puede trabajar con ellos, con resultados parecidos a los de su hermana por lo que da el visto bueno a su incorporación. Al final, ambos viajan a España para salvar a Sidney, Nadia mata brutalmente al que la tenía secuestrada pensando que fue él quien mató a su madre, cosa que Sidney sabe que no es verdad.

4. HIELO

Sidney y sus compañeros están en una misión en Argelia cuando el hombre al que estan protegiendo estalla en mil pedazos. La razón es que le habían aplicado una nueva arma biológica el Hielo 5 que deben encontrar y destruir antes que pueda venderse y crear un buen caos. Vaughn está un poco ausente ya que duerme bastante mal porque todo le recuerda a como mató a su mujer. En la misión para encontrar el Hielo 5 Sidney se infiltra en un hospital como voluntaria donde creen que se está fabricando ese producto. Tiene que intentar robarle la clave de acceso de una puerta a una doctora que creen que sabe lo que está pasando. Para ayudarla Vaughn se infiltra como un cura herido para que ganarse la confianza de la doctora. El hermano de la doctora es el que fabrica el Hielo y lo está experimentando en humanos. La chica está bastante aterrorizada por lo que le pueda hacer su hermano pero intenta ayudar a Vaughn.

5. BIENVENIDOS A LIVERTY VILLAGE

Han robado un aparato que puede destruir la electricidad de un rádio de una ciudad y quieren intentar recuperarlo antes de que lo utilicen en una gran ciudad y las víctimas sean muy elevadas. Sidney y Vaughn deben infiltrarse como un matrimonio en un pueblo llamado Loverty Village en Rúsia que simula un barrio americano y deben ganarse la confianza de todos terroristas camuflados en vecinos perfectos estilo años 50 para poder robarles lo que buscan y conseguir escapar. Sloane le pide a Jack que haga un trato con un ruso que tiene influencia para poderlos sacar de ese sitio con vida, pero el hombre es un ex jefe de Irina y le cuesta bastante intercambiar favores con él. Sidney y Vaughn no paran de ser acusados de fríos y aburridos e intentan cambiar esa visión sobre ellos.

6. NOCTURNO

Hay una droga llamada Nocturno que ha matado a varios agentes de la CIA que estaban investigando sobre ello, la droga les hace alucinar y ver cosas que no son ciertas hasta acabar con la muerte. Uno de los agentes antes de morir muerde a Sidney que estaba buscándolo para ayudarle y a pesar de que parece que está bien en un principio le ha contagiado ese virus y comienza a tener muchas alucinaciones. Como siempre ella dice que está bien y Sloane la manda a la siguiente misión donde debe hablar con un hombre que se había citado con el muerto y parece que le suministraba esas drogas. Dixon cree que es un error que mande a Sidney pero Sloane no le hace caso. En la misión Vaughn y Jack acompañan a Sidney y comienzan a pensar que su comportamiento es muy extraño.

7. DISTENSIÓN

Sidney llega a su casa y ve a Sloane allí hablando con su hermana y lo echa. A la mañana siguiente tienen que llevar una misión y sus contestaciones hacia Sloane son muy duras. Todos van a la misión donde deben copiar el disco duro y la PDA de un hombre que creen que va a vender un explosivo nuevo muy potente y serán Sidney y Nadia las que lo consigan con una jugada maestra. Después tienen que seguir con su trabajo en otro viaje pero Sloane no quiere mandarlas porque incumplieron sus normas y Jack le convence de que lo haga. Las dos vuelven pero esta vez sin apoyo de sus compañeros y aunque les cuesta más se vuelven a salir de la situación bastante bien y es con la ayuda de que Sloane conocía al supuesto comprado de su época en el SD-6. Aunque todo indica que Sidney va a dejar la organización para no volver a ver a Sloane ella decide quedarse porque es la única manera de estar con su hermana y vigilarlo para que no les vuelva a traicionar.

8. ECOS

Sloane no puede llevar el caso que tienen y delega su cargo a Jack. Sidney es muy importante para el caso ya que la persona implicada es Ana Espinosa, una ex enemiga suya que creía muerta. Pero el caso se complica cuando Ana secuestra a Nadia para que Sidney robe una cosa haciendose pasar por ella a cambio de devolverle a su hermana. El caso es un éxito y en el momento del intercambio no puede evitar pegarle una paliza. Mientras Vaughn tiene que volver a recurrir a un viejo enemigo Sark para descubrir el cuartel general de una nueva red terrorista en la que podría seguir perteneciendo Sark. Pero hay demasiada tensión entre ellos por culpa de Lauren y parece que la trampa que le ponen a Sark se vuelve contra ellos. Ana reune a las dos hermanas Nadia y Sidney y vuelven a recordar cosas que dijo Rambaldi, Nadia es marcada por el símbolo y las dos conocen la profecía que decía que las dos se enfrentarán y una no sobrevivirá.

9. HOMBRE DE PALABRA

Nadia ha recibido un disparo de Ana y está en coma, Arvin quiere que la eliminen sea como sea y así se lo dice a Jack. Mientras Sidney y Vaughn intentan recuperar la bomba que les ha robado Ana y conseguir acabar con ella por fin. Para ello tienen que recurrir a Sark, Sark colabora siempre y cuando le permitan ver el cuerpo de Lauren y que sean Vaughn quien se lo enseñe. Sark dice ser un hombre de palabra y les lleva hasta el jefe de la red terrorista para la que trabaja Ana, el plan que idea es presentarse él con Lauren (Sidney disfrazada de Lauren), pero una vez allí todo parece torcerse y Ana se lleva a Sark. Jack tiene un dilema porque para poder seguir con el caso necesita una información que tiene Nadia, así que la despierta del coma sabiendo que eso podría matarla.

10. EL ÍNDICE

Cuando todos trabajaban en el SD-6 había un código llamado "el índice" que nadie podía descifrar con ninguna tecnología moderno pero actualmente ha sido robado y descubren que el descodificador está en poder de la policía de París. Por lo que deben entrar y robarlo para que aquellos que tengan "el índice" no puedan descifrarlo. Dixon tiene sospechas de que Sloane está jugando sucio porque se ha comunicado con un antiguo miembro de la Alianza y cree que puede estar volviendo a las andadas. Con la ayuda de Sidney idea un plan para desenmascararlo. Es el cumpleaños de Nadia y Sidney le dice a Sloane que lo celebren en su casa y así poder pincharle el teléfono. Nadia se da cuenta que algo está pasando y exige que se lo cuenten pero al final las cosas se aclaran de la peor manera posible. Mientras, Vaungh a ido a ver a su tío que está en coma y una de las enfermeras le da una llave que dice que dejó su tío para su padre, aunque lleve muerto mucho tiempo, lo que le hace descubrir que es lo que guarda la llave.

11. EL CAMINO A CASA

Sidney tiene que conseguir un chip que quiere vender un hombre en París cuando alguien lo mata y les roba el chip. Sidney, Vaughn le persiguen y cuando lo acorralan se suicida. El hombre que está detrás de todo es un viejo conocido de Jack que vive en Angola y decide ser él el que se ocupe del asunto. Mientras Sidney tiene que ir a Áustria para interceptar otra venta de una arma peligrosa pero para ello le coge la targeta de acceso a un camarero americano llamado Sam y lo mete en un gran lío. Ambos deberán huir de allí e intentar conseguir la bomba sin resultar muertos. Mientras Vaughn sigue la pista de un hombre que podría saber algo más de su padre que cree que quizá siga vivo y haya fingido su muerte.

12. LA HUÉRFANA

La siguiente misión que Sidney y sus compañeros tienen que enfrentarse está relacionada con un chico que conoce Nadia de cuando se escapó del orfanato y con el que timaba y robaba a la gente para sobrevivir. Ella no dice que se conocen y su padre se enfada por poner en peligro la misión por ocultar información. César, el conocido de Nadia, la ve y les roba lo que Sidney ya tenía en su poder. Así que montan un encuentro entre ambos para poder recuperar el objeto robado. Nadia y César tienen muchas cosas en común los dos fueron reclutados por el mismo hombre para trabajar en el gobierno de Argentina como espías, hasta que ese hombre murió asesinado. Mientras, Vaughn sigue buscando pistas sobre su padre y le llevan hasta Portugal, gracias a que Sidney descifra la información que tenía en su poder.

13. MARTES

Sidney está llevando a cabo una misión en La Havana con el apoyo de Dixon cuando ella y su contacto son capturados porque parece que se han dado cuenta de que el contacto de ella les estaba traicionando. A él lo matan y a ella la sepultan en una caja con el muerto. Mientras, Dixon lleva el disco duro que han cogido y resulta tener un virus biológico que hace que todos en APO queden en cuarentena sin poder salir. Marshall es el único que no ha llegado a entrar al trabajo y lo llaman cuando está en el aparcamiento para ver si puede solucionar el problema. Marshall tendrá que ir a Cuba y encontrar a Sidney antes de que sea demasiado tarde. Los demás harán todo lo posible para ayudarle desde la Agencia y teniendo un escaso contacto con Sidney con un móvil que está perdiendo la bateria por momentos.

14. RUISEÑOR

Las investigaciones de Vaughn y Sidney sobre el padre de él continuan y para encontrar unos archivos clasificados a Sidney no se le ocurre otra cosa que contarselo todo a su padre para pedirle su autorización de nivel 6. Sidney encuentra información sobre una misión sobre Ruiseñor, pero no saben lo que es, solo tienen algunos nombres de gente relacionada y los dos se van de misión para averiguar más. Sloane y Jack creen que Sidney y Vaughn podría entorpecer todo el trabajo que han realizado ellos sobre ese tema y quieren que Vaughn les confiese su información para saber lo que saben. Así que Jack convence a su hija para que Vaughn lo comparta con ellos y ambas parejas intentan no mostrarse muy sinceros frente a los otros. Además, Vaughn recibe una llamada de alguien que sabe algo más sobre su padre pero que solo se la dará a cambio de algo relacionado con el Ruiseñor.

15. PANDORA

Dixon está en una misión y mientras persigue a dos sospechosos uno de ellos le dispara varias veces, luego se le acerca y se descubre la cara: es Vaughn. Dos días antes, Sloane discute con Sidney porque Vaughn se ha ido y creen que actua por su cuenta. Sloane le da dos días para aparecer si no informará.Vaughn está en París y se reúne con el hombre que sabe algo de su padre pero a él le interesa más que le de lo que robó para él. Marshall está preocupado por Jack y le hace algunas pruebas sin su consentimiento por si está enfermo tras exponerse a radiación. Nadia habla con su tia Katya y ella quiere hablar con Sidney. Vaughn tiene que hacer un operativo para encontrar una especie de manual de instrucciones para otro proyecto donde se encontrará con Dixon. Sloane se enfada porque no le explican los últimos acontecimientos relacionados con Rambaldi. Le hacen creer a Vaughn que su padre está vivo.

16. OTRO SEÑOR SLOANE

Un hombre que dice ser Arvin Sloane secuestra a una ingeniera para que monte uno de los artefactos de Rambaldi. Jack se reune con Sidney y Vaughn para que le cuenten lo que ha estado haciendo Vaughn estos meses. Ellos creen que Sloane está detrás de todo y que la muerte de Sidney también fue encargada por él. Lo que no saben es que existe otro hombre que actua y dice ser Arvin Sloane. Nadia se preocupa porque su padre vuelva a obsesionarse por Rambaldi. El hombre que intentó timar a Vaughn colabora con la Cia para conseguir atrapar al falso Sloane. El verdadero Sloane consigue ayudar a su equipo y para ello le dejan entrar en la sala donde guardan los artefactos de Rambaldi, más tarde participa en un operativo para robar un invento que el otro Sloane también quiere.

17. UNA CONSCIENCIA LIMPIA

Explota una bomba en la embajada de Indonesia en Copenague acto de los terroristas Facción Belgrado. La CIA tiene que descubrir que es lo que quieren y que posibles objetivos habrán en un futuro. Nadia recibe una llamada de Sofia, la mujer del orfanato donde se crió, va a venir a Los Angeles y quiere verla. Sloane no se fia de ella y la manda investigar. Sofia tiene un estado muy lamentable porque parece que le han dado una paliza, estaban buscando algo pero no sabía que. Jack está muy enfermo por lo de la radiación y ve a un doctor que le está dando un tratamiento. Le recomienda que hable con su hija y le confiese sus secretos para que tenga la conciencia limpia cuando se muera. Dixon y Vaughn van a Amsterdam en una misión y hay un hombre conocido de Dixon infiltrado en la organización. Jack tiene muchos picores y se encuentra debajo de la piel una especie de chip y no sabe quien se lo ha metido. Más tarde quiere contar a Sidney y Nadia una cosa que Sloane y él saben desde hace tiempo y no lo habían contado, Elena Derevko sigue viva y las ha vigilado durante toda su vida. Dixon se infiltra en el grupo terrorista.

18. ESPEJISMO

Sidney y Vaughn están de misión donde Dixon está infiltrado. Jack no ha llegado al trabajo todavía. En el mismo sitio está el hombre que trabaja para Elena Derevko, lo que es lo mismo Sofia Vargas. Nadia no tiene ni idea de lo que planea Sofia en su casa, quiere entrar en su ordenador para coger cosas de la CIA que no tiene. Jack tiene muy preocupado a Sidney y cree que tiene una enfermedad, Marshall se lo confirma pero le dice que no hay tratamiento. Todos se ponen en marcha para encontrarlo. Sidney y Vaughn lo encuentran en un almacen inyectandose algo pero él cree que es un viejo amigo doctor el que le está tratando. Por eso se dan cuenta de que Jack cree que está en la época en la que su madre vivía y confunde a Sidney con Laura Bristow, su mujer. Sloane le prepara un espejismo para hacerle creer que está en los 70 y para que llame al doctor que tiene un posible tratamiento para curarlo. Sofia y su ayudante roban algo a la CIA gracias a las claves del ordenador de Nadia.

19. EN SUEÑOS...

El falso Sloane se interesa por un monasterio que tiene unas abejas con un comportamiento muy pacífico, las han creado para que hagan la paz y no la guerra, Sloane quiere esa inteligencia para otros fines, pero como no se lo quieren vender lo coge por su cuenta. Sidney habla con su padre y le gusta saber que él iba a dejar la Cia por ella y su madre, antes de que se marchara. El falso Sloane roba la orquidia que hace que las abejas se conviertan en pacíficas o asesinas. Nadia y Dixon tienen una misión para encontrar al falso Sloane. El falso está convencido de que es él, incluso tiene las mismas huellas. Marshall se acuerda de una tecnología que vio cuando trabajaba para el SD6 que podría hacerle eso al falso Sloane, Dixon y Vaughn buscan al creador pero no descubren nada porque se suicida. Después encuentran una manera para saber algo más sobre Sloane y le hacen una espécie de hipnósis para que sueñe en su vida pasada. Jacqueline es el nombre de la hija que tuvo Sloane con Emily y la cual murió, eso no lo sabrá el falso Sloane.

20. EL DESCENSO

Unos intrusos están entrando al departamento de investigación de la CIA y se estan llevando todos los aparatos de Rambaldi y Sofia está detrás de todo. Mientras en casa de Sidney Sofia se despide de ellas pero antes le da un colgante a Nadia para que lo lleve siempre. Vaughn le pregunta a Jack si puede casarse con su hija Sidney a lo que él no le contesta nada agradable. La directora Chase irrumpe en la casa de Sidney en busca de Nadia, resulta que creen que ella ha autorizado la entrada de los intrusos que les han robado. En seguida se dan cuenta de que ella no ha sido pero si Sofia y queen realidad, es Elena Derevko. Nadia recuerda lo que pasó hace un año cuando acudió con su padre a culminar los artefactos de Rambaldi y como la utilizó, no puede creer que Sofia le haya hecho lo mismo. Sloane quiere dirigir la operación y participar activamente. Jack habla con Katya para obtener información que ayude a Sidney. Sofia se encuentra con Sloane, que quiere trabajar con ella. Dixon resulta herido y se descubre que está liado con la directora Chase.

21. BÚSQUEDA Y RESCATE

Jack recuerda como mató a Irina hace 18 meses y no fue ella la que mandó matar a su hija, le atormenta que no pensara que ella nunca haría eso. En la CIA tienen una gran crisis y todos intentan localizar a Sloane para poder encontrar también a Sofia. Jack le cuenta a Nadia que fue él el que mató a su madre. Algo pasa en una ciudad rusa, creen que puede ser un caos si Sofia vierte agua contaminada por la orquidea en la ciudad. Mientras, Vaughn no encuentra el momento para pedirle que se casen. Jack, Nadia y Sidney descubren que Elena está viva y van a rescatarla. Jack sigue sin fiarse de Irina pero siente haber hecho lo que hizo. Irina estaba prisionera de su propia hermana Elena así que ayudará a sus hijas y la CIA para conseguir desactivar el aparato de la ciudad rusa.

22. ANTES DEL DILUVIO

Todos se tiran en paracaídas sobre la ciudad que ya ha empezado a sentir el caos, todos los seres de la ciudad son malvados y asesinan a todo lo que se le pone por delante. Pero hay un hombre que ha sobrevivido, un agente de la CIA que conoce Sidney, les puede ayudar. Sofia cree que cuando Nadia llegue se unirá a ella y a Sloane en su malvado plan. Irina y Jack ven un caballo rojo y ángeles cayendo del cielo, con lo que la profecía de Rambaldi se está cumpliendo y la elegida y el pasajero se van a enfrentar, o sea Sidney y Nadia. Nadia es capturada por los hombres de la ciudad y ninguno puede rescatarla. Irina sabe algo sobre Vaughn que nadie más sabe y le dice que se lo cuente a Sidney si no quiere que les pase lo que les pasó a ella y Jack. Mientras Marshall y Weiss les ayudan desde Los Angeles ellos intentan subir a la azotea ayudados por Sloane. Nadia es capturada y llevada ante Sofia, ella le inyecta las toxinas a Nadia para que se enfrente a su hermana. Sidney tiene que subir a pararlo todo y Vaughn le pide que se case con ella y ella acepta. Nadia y Sidney se pelean como predijo Rambaldi, mientras Irina intenta desactivarlo todo. Sidney corta el cable y sale corriendo después de que Sloane disparara a Nadia para que no la mate. Jack deja escapar a Irina y ella se despide de su hija Sidney diciendole que la verá en su boda, aunque ella no la vea.

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